La bioinformatique est une discipline récente qui propose et développe des modèles, des méthodes et des outils afin d'analyser l'information biologique...
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La bioinformatique est une discipline récente qui propose et développe des modèles, des méthodes et des outils afin d'analyser l'information biologique disponible et produire de nouvelles connaissances. C'est à ce titre une science interdisciplinaire en développement rapide, qui fait appel à des connaissances pointues en mathématique, en informatique et en biologie. Introduction à la bioinformatique est un ouvrage d'initiation. Il offre un panorama des différents outils et techniques actuellement disponibles. Il livre également des conseils pour utiliser au mieux les logiciels existants et les adapter aux besoins spécifiques du chercheur. Les différents thèmes abordés dans ce livre sont : la station de travail bioinformatique, notamment sous Linux ; les techniques de recherche d'informations biologiques sur le Web ; l'analyse et la comparaison de séquences ; les alignements multiples de séquences ; la visualisation de structures protéiques et le calcul de propriétés structurales ; la prédiction de la structure et de la fonction d'une protéine à partir de sa séquence ; les outils pour la génomique et la protéomique ; l'automatisation de l'analyse de données avec Perl ; le développement de bases de données biologiques ; la visualisation et la fouille de données (data mining). Cet ouvrage s'adresse aussi bien aux étudiants en biologie soucieux d'acquérir une approche informatique qu'aux biologistes expérimentés s'initiant à la manipulation de ces données sur ordinateur ou encore aux informaticiens possédant des connaissances de base en biologie qui souhaitent découvrir la bioinformatique.
Sommaire
INTRODUCTION
La biologie à l'ère de l'informatique
Approches informatiques de quelques questions biologiques
STATION DE TRAVAIL BIOINFORMATIQUE
Installation d'une station de travail
Fichiers et répertoires sous Unix
Travailler sur un système Unix
OUTILS POUR LA BIOINFORMATIQUE
Recherche d'informations biologiques sur le Web
Analyse et comparaison de séquences
Alignements multiples de séquences, arbres et profils
Visualisation de structures protéiques et calcul de propriétés structurales
Prédiction de la structure et de la fonction d'une protéine à partir de sa séquence