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La pensée de Johannes Clauberg se situe à l'intersection de trois axes "majeurs" de la philosophie moderne: le cartésianisme, l'ontologie et l'herméneutique. Trois lignes de force qui apparaissent dans la première moitié du XVIIe siècle et qui s'accentuent jusqu'à la fin du XVIIIe siècle. La philosophie de Clauberg ne s'épuise donc pas dans la seule interprétation de la philosophie cartésienne, dont elle oriente la lecture jusqu'au XXe siècle, mais elle offre également une perspective privilégiée pour comprendre quelques-uns des enjeux philosophiques essentiels du Grand Siècle.
Si l'adhésion au cartésianisme est motivée par des problématiques internes au mouvement de réforme de la métaphysique qui se produit dans la Schulmetaphysik, la constitution de la première logique cartésienne, la Logica vetus et nova, qui est aussi la première logique herméneutique, est le fruit principal de cette rencontre entre la methodus cartesiana et l'ontologie.