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La Reforme tant protestante que catholique a établi en Europe chrétienne une déchirure irréparable. Les nouvelles communautés luthériennes et calvinistes et l'ancienne, catholique romaine, les unes et les autres retranchées de l'Eglise d'Orient, sont devenues adversaires. Les Etats ne sont pas en reste, ils ont pris parti pour l'une ou l'autre foi. En ces temps les questions religieuses et politiques sont encore étroitement imbriquées.
Aussi les guerres entre nations et les guerres civiles vont être nombreuses : : guerres de religion en France, arrièrefonds religieux de la guerre de Trente Ans, saignée humaine dans le royaume de France après la révocation de l'Edit de Nantes en 1685, soulèvements dans le Saint Empire Romain Germanique, contestations en Angleterre ? révoltes aux PaysBas... Progressivement ces guerres laissent place à la controverse virulente : arminiens contre gomaristes appelés aussi contre remontrans , jansénistes contre jésuites...