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1835. Gus, un jeune zoologiste, est envoyé par le musée d'histoire naturelle de Lille pour étudier la faune du nord de l'Europe. Lors d'une traversée, il assiste au massacre d'une colonie de grands pingouins et sauve l'un d'eux. Il le ramène chez lui aux Orcades et le nomme Prosp. Sans le savoir, Gus vient de récupérer le dernier spécimen sur terre de l'oiseau. Une relation bouleversante s'instaure entre l'homme et l'animal.
La curiosité du chercheur et la méfiance du pingouin vont bientôt se muer en un attachement profond et réciproque. Au cours des quinze années suivantes, Gus et Prosp vont voyager des îles Féroé vers le Danemark. Gus prend progressivement conscience qu'il est peut-être le témoin d'une chose inconcevable à l'époque : l'extinction d'une espèce. Alors qu'il a fondé une famille, il devient obsédé par le destin de son ami à plumes, au détriment de tout le reste.
Mais il vit une expérience unique, à la portée métaphysique troublante : qu'est-ce que veut dire aimer ce qui ne sera plus jamais ?