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Les sociétés les plus avancées de la galaxie dépendent toutes de la technologie des Prothéens, une espèce antique disparue il y a cinq mille ans. Après la découverte d'équipement prothéen sur Mars en 2148, l'Humanité, la plus jeune des espèces interstellaires, se lance aux quatre coins de l'univers et lutte pour se faire une place au sein de la communauté galactique. La scientifique Kahlee Sanders a quitté l'Alliance interstellaire pour rejoindre le projet Ascension, destiné à aider les enfants " biotiques ", de véritables génies, à exploiter leurs extraordinaires pouvoirs.
L'élève la plus prometteuse de ce programme est Gillian Grayson, une enfant de douze ans quasi autiste. Or, Kahlee ignore que Gillian est bien malgré elle un pion de l'organisation hors la loi connue sous l'appellation de Cerberus, qui sabote le programme en effectuant des expériences illégales sur les élèves. Les sinistres projets de Cerberus éventés, le père de Gillian l'éloigne du projet Ascension et prend la fuite avec elle en direction des systèmes Terminus, où ne règne aucune loi.
Déterminée à protéger Gillian, Kahlee les accompagne, sans savoir que le père de l'enfant est en réalité un agent de Cerberus. Pour sauver Gillian, Kahlee devra sillonner les confins de la galaxie, tout en affrontant de terribles ennemis et malgré d'infimes chances de succès. Mais comment tirer une fillette des griffes de son propre père ?