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Tout au long de l'histoire de la Troisième République, Edouard Toulouse a été une figure de premier plan dans la vie intellectuelle et politique. Il est un bon prototype du savant républicain engagé dans les luttes sociales. Psychiatre, Toulouse a apporté des contributions notables en psychologie expérimentale et en psychiatrie biologique. En tant que militant social, il a oeuvré pour impulser des réformes dans tous les grands secteurs de la vie sociale : l'école, l'orientation et la sélection professionnelles, l'organisation du travail, le traitement de la folie et la prophylaxie mentale, la justice, la sexologie, l'eugénisme...
Cette volonté réformatrice a conduit à des transformations sociales effectives dans deux domaines : l'affectation sociale des personnes, avec le développement des méthodes psychotechniques, et l'assistance psychiatrique, avec l'ouverture des asiles et la création de services ouverts. Tous les projets de réforme de Toulouse relèvent d'un programme "biocratique" qui vise à assurer le bonheur des individus en rendant la société plus rationnelle et plus juste.
La biocratie de Toulouse se veut une intégration du positivisme - c'est la biologie qui indique la voie des réformes rationnelles - et de la philosophie des Lumières avec ses idéaux relatifs à la liberté individuelle et à l'égalité. En cela elle est une manifestation forte de "l'idéologie républicaine" telle qu'elle s'exprimait sous la Troisième République.