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Un virus inconnu et l'invasion des vampires sont à l'origine de la destruction du monde. Lors de l'Apocalypse, Yûichirô Hyakuya s'est fait capturer par les vampires et a été, pendant plusieurs années, retenu prisonnier et traité comme du bétail. Un jour, Yûichirô, son ami Mikael et leurs camarades décident de s'enfuir, mais seul Yûichirô réussit à survivre et à s'évader. Depuis, Yûichirô a bien grandi et a intégré la brigade Gekki du bataillon d'extermination des vampires de l'armée démoniaque impériale du Japon.
Sous la direction de Glenn, il fait équipe avec Shinoa, Yoichi, Kimizuki et Mitsuba et se bat avec ardeur afin d'exercer sa vengeance sur les vampires. Durant la bataille de Nagoya, Yûichirô a retrouvé Mikael et décide d'aider son compagnon d'enfance qu'il croyait mort. Mais, à l'aéroport de Nagoya, Kureto Hiiragi mène des expériences sur le Séraphin de la fin et de nombreux alliés sont décimés. De plus, Yûichirô se retrouve gravement blessé à la suite d'une trahison de Glenn, tandis que dans le camp des vampires, Ferid se rebelle.
Alors que le chaos s'installe sur le champ de bataille, l'unité de Shinoa déserte l'armée et part se cacher dans un petit village...